学校以船舶与海洋装备、海洋信息、船舶动力、先进核能与核安全4个学科群为牵引，构建特色学科优势突出、通用和基础学科支撑配套、文管学科独具特色、专业结构布局合理的“三海一核”特色学科专业体系。现有一级学科博士点14个，一级学科硕士点32个，博士专业学位类别2个，硕士专业学位类别9个，博士后科研流动站12个，博士后科研工作站3个。国家一级、二级重点学科各1个，国防特色学科10个，黑龙江省重点学科群1个、一级重点学科11个。现有本科专业63个，国家级一流本科专业11个，教育部特色专业7个，卓越工程师教育培养计划专业7个，国防特色紧缺专业和重点专业7个，省级重点专业29个，4个专业入选国家级专业综合改革试点项目。学校材料科学、工程学、、计算机科学进入esi全球前1%；在国家第四轮学科评估中，船舶与海洋工程、控制科学与工程学科分别获得a 和a-等级，一级学科博士点全部进入全国前30%。
